Mali là một trong những nước nóng nhất trên thế giới. Đường xích đạo nhiệt, trùng với các điểm nóng nhất quanh năm trên hành tinh dựa trên nhiệt độ trung bình hàng năm nằm trên nước này.[2] Phần lớn Mali có lượng mưa không đáng kể và hạn hán rất thường xuyên sảy ra.[2] Cuối tháng 6 đến đầu tháng 12 là mùa mưa ở khu vực cực nam. Trong thời gian này, lũ lụt ở sông Niger diễn ra phổ biến, tạo ra châu thổ nội địa sông Niger. Phần sa mạc phía bắc rộng lớn của Mali có khí hậu sa mạc nóng (phân loại khí hậu Köppen BWh) với mùa hè dài, cực kỳ nóng và lượng mưa khan hiếm giảm về phía bắc. Khu vực trung tâm có khí hậu bán khô hạn nóng (phân loại khí hậu Köppen BSh) với nhiệt độ quanh năm rất cao, mùa khô kéo dài và mùa mưa ngắn, bất thường. Vành đai nhỏ miền nam sở hữu khí hậu xavan (phân loại khí hậu Köppen Aw) nhiệt độ rất cao quanh năm với một mùa khô và một mùa mưa.[1] Trong mùa nóng nhất trong năm, nhiệt độ cao trong cả nước. Timbuktu, Taoudenni, Araouane, Gao, Kidal, Tessalit là một trong những điểm nóng nhất trên trái đất trong những tháng nóng nhất. Kayes, với nhiệt độ cao trung bình khoảng 44 °C (111,2 °F) trong tháng tư có biệt danh là "nồi áp suất của châu Phi" do nhiệt độ cực cao quanh năm. Nhiệt độ cực đoan hơn ở phía bắc trong sa mạc Sahara; nhiệt độ cao trung bình tối đa trong năm đạt 46 °C (114,8 °F) ở Araouane vào tháng 6[3] và đến gần 48 °C trong vùng Taoudenni trong thời gian nắng tháng 7[4] là cao ở Mali, đạt mức cao nhất trong vùng khô cằn phía Bắc với khoảng 3600 - 3700 giờ một năm. Mali có tổng thể là khí hậu nóng, nắng và khô bị chi phối bởi các sườn núi cận nhiệt đới.